新型处理系统，极大地改善了雷达性能，局势监控站和情报协调中心也进行了改进，同时，“爱国者”-3反导系统开始装备完善型GЕМ导弹，这种导弹装配快速作用引信战斗部和新型制导装置，目标杀伤范围增加到公里。1996年，“爱国者”-3Ⅱ型改进方案完成，程序保障系统得到了改善，雷达发现小型和隐形目标的能力得到提高，同时降低了反辐射导弹及其载机对系统的攻击效率。
2000年，“爱国者”-3Ⅲ型改进项目完成，采用了一系列新型无线电电子元件，完善了程序保障性能，提高了雷达发现战术弹道导弹发射的预警能力和落点判断能力，能与前沿部署的末段高空反导防御系统互通，发射装置得到了进一步的完善，在远离指挥所30公里的地方部署。这一方案的主要特点是使用“爱国者”)新型高机动、高精导弹，装配主动雷达自导弹头，但射程相对不远，射高只有公里，主要优势是使用“爱国者”-2系统的改进型发射装置后，由于新型导弹尺寸和重量降低，一部发射装置导弹装配数量增加了3倍（达到16枚）。
部署规模庞大，实战表现美中不足
目前，在美国多层次、一体化的弹道导弹防御系统组成单元中，“爱国者”-3系统属于技术最为成熟的单元之一，且是唯一经过实战检验的防御单元。到2009年底美军已部署681枚拦截弹；预计到2010年底，美军部署拦截弹数量将达到831枚。美国许多盟友国家（如日本、韩国、以色列等）纷纷通过直接购进美制系统、或引进相关技术研发自产型号，或通过美国驻军部署的方式而寻求“爱国者”-3系统保护。根据日本的防卫计划，截至2010年度，自卫队还将在神奈川县武山基地和茨城县霞浦基地等9处基地、总计14个部队部署“爱国者”-3系统装备。
在2003年伊拉克战争中，美陆军近千枚“爱国者”导弹部署到伊拉克周边，其中包括有所改进的“爱国者”-2、增强型“爱国者”GEM和“爱国者”-3。50枚“爱国者”-3当时尚未正式列装，还处在试验阶段。“爱国者”属于低层反导系统。它拦截万米高空中的战术弹道导弹需要预警信息系统支持。战中，伊拉克发射了23枚战术弹道导弹和“泡泡纱”巡航导弹，但只有9枚战术弹道导弹被“爱国者”成功拦截，成功率仅为32%，其中，增强型“爱国者”CEM拦截了7枚，4枚“爱国者”-3导弹拦截了2枚(“双打一”式拦截)战术弹道导弹，成功率很高，另外5枚“泡泡纱”巡航导弹无一被拦截。尽管美军只轻描淡写地承认3月28日从法奧半岛发射的一
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